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Plant Phenomics | 基于LSSVM 模型的无暗适应叶绿素a荧光Fv/Fm的测定
发表时间:2023-11-07 10:08:30点击:524
来源:植物表型组学
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光合量子产量的评价是植物表型分析的重要内容,叶绿素荧光a(ChIF)作为一种快速、灵敏、无损的检测指标,被广泛应用于植物光合作用及其调控机制的研究。其中,ChIF诱导曲线中可变荧光值与最大荧光的比值Fv/Fm能够反应光合系统II(PSII)的最大光化学量子产率。目前, 对于Fv/Fm的测量,必须将植物样品暗适应处理15–30分钟或更长的时间,这种处理方式是耗时的,限制了其实际应用。因此,亟需一种现代化计算方法,确定ChIF与暗适应和非暗适应之间的确切关系,在没有暗适应的情况下从ChIF中确定准确的Fv/Fm,以节省试验时间。
2023年5月,Plant Phenomics在线发表了江南大学等单位题为Determination of Fv/Fm from Chlorophyll a Fluorescence without Dark Adaptation by an LSSVM Model 的研究论文。该研究开发了一个最小二乘支持向量机(LSSVM),可以在无暗适应条件下从ChIF诱导曲线中确定Fv/Fm。结果表明,在无暗适应条件下,所开发的LSSVM模型具有良好的测定性能,测试数据集的预测性能非常理想:相关系数为(0.7620.974),均方根误差为(0.0050.0021),残差预测偏差为(1.2544.933)。
该研究对6种植物(共计7321个样本)进行了8组试验,探究了不同样本类型的Fv/Fm在有暗适应和无暗适应条件下的差异。随机选取样本数量的10%、20%、…90%作为训练数据集并建立初始LSSVM模型,其余样本作为验证数据集,以测试所建立的LSSVM模型在暗适应下对Fv/Fm的预测性能。在不同训练数据集样本数下,使用LSSVM模型从无暗适应测量的ChIF确定Fv/Fm的结果如表1、2所示。结果表明,当训练数据集样本占全部样本容量的80%以上时,LSSVM模型表现出较强的预测能力。
表1:LSSVM模型性能评价指标(RMSE)
表2:LSSVM模型性能评价指标(RPD)
该研究进一步比较了不同训练数据集样本中预测的Fv/Fm值与所有测试样本暗适应后测量的试验值(图1)。为了进一步评估模型的预测性能,计算了一条回归线来验证其是否接近1:1的直线。结果表明,该研究强调的ChIF预测的Fv/Fm与暗适应的Fv/Fm之间存在显著的线性回归关系,LSSVM模型在没有暗适应的情况下,可以有效地从ChIF中预测Fv/Fm。
图1:利用LSSVM模型对不同训练数据集样本进行Fv/Fm预测。(A)训练数据集的数量为总样本的80%。(B)训练数据集的数量为总样本的90%。
论文链接:
https://doi.org/10.34133/plantphenomics.0034
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https://doi.org/10.34133/plantphenomics.0048
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https://doi.org/10.34133/2022/9753427
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《植物表型组学》(Plant Phenomics)是由南京农业大学和美国科学促进会(AAAS)合作创办的英文学术期刊,于2019年1月正式上线发行。采用开放获取形式,刊载植物表型组学交叉学科热点领域具有突破性科研进展的原创性研究论文、综述、数据集和观点。具体范围涵盖高通量表型分析的最新技术,基于图像分析和机器学习的表型分析研究,提取表型信息的新算法,作物栽培、植物育种和农业实践中的表型组学新应用,与植物表型相结合的分子生物学、植物生理学、统计学、作物模型和其他组学研究,表型组学相关的植物生物学等。期刊已被DOAJ、Scopus、PMC、EI和SCIE等数据库收录。科睿唯安JCR2021影响因子为6.5,位于农艺学、植物科学、遥感一区。中科院农艺学、植物科学一区,遥感二区,生物大类一区(TOP期刊)。2020年入选中国科技期刊卓越行动计划高起点新刊项目。
说明:本文由《植物表型组学》编辑部负责组稿。
中文内容仅供参考,一切内容以英文原版为准。
撰稿:孙浩(南京农业大学)
排版:张婕(上海交通大学)
审核:孔敏、王平