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Plant Phenomics | 光谱预处理与深度转移学习相结合的叶片叶绿素含量评估
发表时间:2022-08-30 10:47:02点击:1020
来源:植物表型组学
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快速准确地检测叶绿素含量对于评估棉花的生理营养状态至关重要。高光谱成像技术已被证明可有效用于测定各种植物的叶绿素含量。通过构建多元统计模型是基于高光谱成像进行叶绿素含量检测的常用方法。然而,高光谱图像受环境噪声、样品化学与物理性质、采集仪器差异等多种因素的影响。即使只在不同品种或不同测量条件下,同一植物的数据分布和特征空间也会发生变化,导致已构建的检测模型难以应用于新采集的样本。解决此问题的典型方案是在样品或测量条件发生变化时开发新模型。然而,这种方法需要重新收集大量样本,耗时耗力。因此,在不同数据集之间实现简单有效的模型校准转移仍然是一个亟待解决的问题。
近日,Plant Phenomics在线发表了浙江大学和石河子大学合作完成的题为Spectral Preprocessing Combined with Deep Transfer Learning to Evaluate Chlorophyll Content in Cotton Leaves的研究论文。
本研究提出利用光谱预处理和深度迁移学习相结合的方法以提高棉花叶绿素反演模型的适应性。本研究讨论了7种不同的光谱预处理方法,设计了一种一维卷积神经网络(Convolutional neural network, CNN)来构建模型,并通过微调的方式来实现模型迁移。结果表明,一阶导数和标准正态变量变换相结合的方法为最优光谱预处理方法。对于目标域数据集,基于一阶导数与标准正态变量变换预处理后光谱的微调CNN模型性能优于传统的偏最小二乘和支持向量机方法。尽管使用较小数据集对CNN微调的效果有限,但CNN模型的反演结果仍优于传统模型,可以获得较高的叶绿素含量反演精度。此外,本研究还通过比较预处理后的光谱曲线对预处理结果进行解释,并且使用显著性图对CNN建模中的重要波长进行了可视化分析。本研究表明光谱预处理和深度迁移学习相结合的方法,可以有效估算不同棉花品种的叶绿素含量,为棉花营养和健康状况的评估提供了新的可能性。
图1CNN架构与微调迁移学习的流程
图2基于原光谱与基于预处理光谱建立的微调CNN模型的显著性图
该研究论文第一作者为浙江大学生物系统工程与食品科学学院博士生肖沁林,通讯作者为石河子大学高攀教授、浙江大学何勇教授以及博士后吴娜。本研究获得了兵团重点领域科技攻关计划项目的资助。
作者介绍
何勇教授为浙江大学求是特聘教授,浙江大学学术委员会委员,浙江大学数字农业农村研究中心主任、农业农村部光谱检测重点实验室主任,曾任浙江大学生物系统工程与食品科学学院院长,国家“双一流”建设学科和全国第四轮学科评估A+学科——农业工程学科学术带头人,2021年ELSEVIER中国高被引学者,入选2021“全球顶尖1万科学家排名”。浙江大学数字农业与农业物联网创新团队长期致力于数字农业、农业物联网、农村信息化、农用航空和智能农业装备等方面的科学研究工作。
高攀教授为石河子大学信息科学与技术学院计算机科学与技术系主任,兵团科技创新骨干人才、石河子大学A类学科带头人。石河子大学图像理解与智能信息处理团队长期致力于深度学习技术结合多源光谱成像快速检测、大数据云平台开发和区块链溯源技术在作物生产过程中等应用方面的工作。
论文链接:
https://doi.org/10.34133/2022/9813841
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About Plant Phenomics
《植物表型组学》(Plant Phenomics)是由南京农业大学和美国科学促进会(AAAS)合作创办的英文学术期刊,于2019年1月正式上线发行。采用开放获取形式,刊载植物表型组学交叉学科热点领域具有突破性科研进展的原创性研究论文、综述、数据集和观点。具体范围涵盖高通量表型分析的最新技术,基于图像分析和机器学习的表型分析研究,提取表型信息的新算法,作物栽培、植物育种和农业实践中的表型组学新应用,与植物表型相结合的分子生物学、植物生理学、统计学、作物模型和其他组学研究,表型组学相关的植物生物学等。期刊已被DOAJ、Scopus、PMC、EI和SCIE等数据库收录。科睿唯安JCR2021影响因子为6.961,位于农艺学、植物科学,遥感一区。中科院农艺学、植物科学一区,遥感二区,生物大类一区(TOP期刊)。2020年入选中国科技期刊卓越行动计划高起点新刊项目。
说明:本文由《植物表型组学》编辑部负责组稿。
中文内容仅供参考,一切内容以英文原版为准。
特邀作者:何勇
编辑:王平
审核:孔敏