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Plant Phenomics 精选2021 | 基于无人机图像和深度学习鉴定大豆对水涝胁迫的响应
发表时间:2022-08-23 16:50:13点击:825
来源:植物表型组学
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随着气候的变化,强降水事件愈发频繁。据推算,十年后强降水事件的数量将会较如今增加30%,会有越来越多的耕地面临强降水所带来的洪涝灾害的威胁。水涝胁迫是全球第二大非生物胁迫,指土壤表面被水层覆盖,可分为涝渍胁迫(只有根系处于厌氧条件下)和淹涝胁迫(所有的根系以及全部或部分枝干均被水淹没)。在湿地作物(如水稻等)中经常会出现淹涝现象,而在旱地作物(如大豆和玉米等)中则经常会出现涝渍现象。水涝胁迫会抑制根芽生长、光合作用和养分吸收,导致大豆、水稻、小麦等作物的产量大幅减少,进而带来严重的经济损失。
大豆是一种重要的豆类作物,因其较高的蛋白质和油脂含量而广泛用于食品及饲料、生物质燃料及许多其它产品的生产中。然而,由于人口增长、气候变化、土壤退化和污染等不利因素,可用的耕地面积正逐年减少,也使得大豆的生产力和种子质量在面临来自水涝灾害的威胁时越来越被动。
在水涝灾害的影响下,大豆的稳定生产可通过培育耐水涝品种来保障。在评估田间条件下大豆对水涝的耐受力时,传统做法是目视评估水涝胁迫对枝条造成的损伤等级,目视评估法不仅劳动密集,还容易受到主观误差的影响。
2021年6月,Plant Phenomics 在线发表了密苏里大学等单位题为Qualification of Soybean Responses to Flooding Stress Using UAV-Based Imagery and Deep Learning的研究论文。
随着田间高通量表型技术的发展,高通量表型在测量作物性状和检测作物对生物或非生物性胁迫的响应方面显示出了巨大的潜力。在该文中,研究者使用基于不同飞行高度采集到的无人机图像特征对水涝所引起的大豆损伤进行了评估:航拍图像是在同一天使用五波段多光谱和红外热成像仪分别在20、50和80米高度所拍摄,之后从这三个飞行高度的图像序列中提取了冠层温度、归一化差分植被指数、冠层面积、冠层宽度、冠层长度(Figure 3)等五个图像特征,并基于这些特征使用深度学习模型(Figure 4)将各育种地块分为五个水涝损害等级(FIS,Figure 2)。论文结果表明,三种飞行高度采集的图像特征的差异显著,由20米高度处采集到的图像特征所开发的模型的分类效果最佳,对损害等级评估的准确率高达0.9(Figure 8)。该文所提出的方法在大豆育种方面很有前景,有望取代繁重的人工作业,更高效地评估水涝灾害等级。
Figure 2: Representative images of soybean plots of different flooding injury scores (FISs).
Figure 3: A stepwise procedure to remove the background of the multispectral images.
Figure 4:The architecture of the FNN model used toclassify the FISs.
Figure 8: Classification performance of the FNN modelwith canopy temperature, NDVI, canopy area, length, and width collected atthree flight heights.
论文链接
https://doi.org/10.34133/2021/9892570
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About Plant Phenomics
《植物表型组学》(Plant Phenomics)是由南京农业大学和美国科学促进会(AAAS)合作创办的英文学术期刊,于2019年1月正式上线发行。采用开放获取形式,刊载植物表型组学交叉学科热点领域具有突破性科研进展的原创性研究论文、综述、数据集和观点。具体范围涵盖高通量表型分析的最新技术,基于图像分析和机器学习的表型分析研究,提取表型信息的新算法,作物栽培、植物育种和农业实践中的表型组学新应用,与植物表型相结合的分子生物学、植物生理学、统计学、作物模型和其他组学研究,表型组学相关的植物生物学等。期刊已被DOAJ、Scopus、PMC、EI和SCIE等数据库收录。科睿唯安JCR2021影响因子为6.961,位于农艺学、植物科学,遥感一区。中科院农艺学、植物科学一区,遥感二区,生物大类一区(TOP期刊)。2020年入选中国科技期刊卓越行动计划高起点新刊项目。
说明:本文由《植物表型组学》编辑部负责组稿。
中文内容仅供参考,一切内容以英文原版为准。
编辑:王平
审核:孔敏