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Plant Phenomics | 使用无人机图像和光合积累模型估算水稻地上生物量
发表时间:2023-10-17 19:15:27点击:828
来源:植物表型组学
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地上生物量(AGB)对生态系统的碳库起着重要的贡献,并且是估算作物产量的最重要指标之一。有效、准确、快速地监测局部地区的水稻AGB,可以为农作物育种材料的高通量筛选提供决策支持。直接法通常通过人工采样和称重植物来获取AGB,这会对植被造成损害,需要大量的劳动力,并且浪费时间。利用遥感技术,特别是利用无人机(UAV)估算植被AGB,可以实现及时、无损的作物状况评估,已广泛应用于大面积长时间序列的作物监测和管理。这种独特光谱特征激发了许多研究人员探索开发植被指数(VIs)和使用遥感图像进行植被的定量估算。然而,VI与生物量之间的关系是非线性的,当生物量较高时,VI往往会饱和。机器学习方法和深度卷积神经网络在估算作物地上生物量(AGB)时可以很好地处理复杂和非线性数据。然而,这些模型复杂,需要许多参数和高计算成本,使它们难以应用。除了光谱信息,冠层结构参数,如冠层高度,通常用于估算作物地上生物量(AGB)。近年来,育种技术已经培育出了具有不同物候周期的数百个水稻品种。关于冠层高度是否仍然有效用于估算多品种水稻的AGB,存在不确定性。
2023年5月,Plant Phenomics在线发表了武汉大学题为 Estimation of Rice Aboveground Biomass by UAV Imagery with Photosynthetic Accumulation Models 的研究论文。考虑到使用单一指标如植被指数(VI)和高度来估算整个生长季节的水稻生物量的现有估算方法的不足,本研究提出了一个新的累积模型,通过集成从无人机图像估算的VI和冠层高度,以提高整个生长季节的生物量估算的通用性和准确性。
本研究的主要目的如下:(a)建立水稻的垂直分布模型,通过结合高度和VI准确估算LAI,(b)开发一个光合积累模型(PAM)来准确估算水稻的地上生物量(AGB),(c)提出一个简化的光合积累模型(SPAM),同时确保水稻生物量估算的精确性,(d)测试这两个模型在不同年份获得的数据上的可迁移性,比较不同方法在预测AGB方面的性能,并为它们在不同需求下的应用提供建议。三次试验均采用2018年陵水和2019年鄂州实验采集的数据进行建模,2022年华山实验作为验证集进行模型迁移(表1)。为了更全面地测试模型,2022年在华山专门设置了一个粳稻品种,以测试本研究模型的可推广性和鲁棒性。
表1 三个实验的数据列表
结果表明,水稻整个生长季节的VI与AGB之间的相关性较弱,高度模型的准确性也在整个生长季节中受到限制(图1)。与2019年数据中基于NDVI的水稻AGB估算模型(R²= 0.03,RMSE = 603.33 g/m²)和冠层高度(R²= 0.79,RMSE = 283.33 g/m²)相比,由NDVI和冠层高度计算的PAM可以更好地估算水稻的AGB(R²= 0.95,RMSE = 136.81 g/m²)。基于积累模型的时间序列分析,提出了一种简化的光合积累模型(SPAM),它只需要有限的观测值即可实现R2大于0.8。使用两年样本建立的PAM和SPAM模型成功预测了第三年的样本,也展示了模型的稳健性和泛化能力(图2)。总之,这些方法可以轻松高效地应用于整个水稻生长季节的UAV估算水稻的AGB,具有为大规模田间管理和育种提供服务的巨大潜力。
图1基于2018年陵水和2019年鄂州的VI模型、高度模型、PAM和SPAM计算了整个生长季AGB估算的A ) R²和( B ) RMSE。
图2 基于( A ) EVI2模型、( B )高度模型、( C ) GNDVI的PAM、( D ) GNDVI的SPAM、( E ) NDVI的PAM、( F ) NDVI的SPAM建立的模型预测的2022年和2019年样本的地上生物量实测值与预测值( g / m² )。红色虚线表示预期的1:1关系。
论文链接:
https://spj.science.org/doi/10.34133/plantphenomics.0056
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About Plant Phenomics
《植物表型组学》(Plant Phenomics)是由南京农业大学和美国科学促进会(AAAS)合作创办的英文学术期刊,于2019年1月正式上线发行。采用开放获取形式,刊载植物表型组学交叉学科热点领域具有突破性科研进展的原创性研究论文、综述、数据集和观点。具体范围涵盖高通量表型分析的最新技术,基于图像分析和机器学习的表型分析研究,提取表型信息的新算法,作物栽培、植物育种和农业实践中的表型组学新应用,与植物表型相结合的分子生物学、植物生理学、统计学、作物模型和其他组学研究,表型组学相关的植物生物学等。期刊已被DOAJ、Scopus、PMC、EI和SCIE等数据库收录。科睿唯安JCR2022影响因子为6.5,位于农艺学、植物科学、遥感一区。中科院农艺学、植物科学一区,遥感二区,生物大类一区(TOP期刊)。2020年入选中国科技期刊卓越行动计划高起点新刊项目。
说明:本文由《植物表型组学》编辑部负责组稿。
中文内容仅供参考,一切内容以英文原版为准。
撰稿:王慧敏(南京农业大学)
排版:赵倩莹(南京农业大学)
审核:孔敏、王平