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种子表型组学:多光谱成像结合机器学习判别辣椒种子品种

发表时间:2022-04-15 11:31:49点击:1257

来源:北京博普特科技有限公司

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Videometer Lab4多光谱种子表型成像系统是丹麦理工大学与丹麦Videometer公司开发,是用于种子研究先进的多光谱表型成像设备,典型客户为ISTA国际种子检验协会、ESTA欧洲种子检验协会、John Innes Centre、LGC化学家集团、奥胡斯大学等等,利用该系统发表的文章已经超过300篇。

Videometer种子表型表型成像系统可测量种子如尺寸、颜色、形状等,间接测定种子参数如种子纯度、发芽百分比、发芽率、种子健康度、种子成熟度、中寿命等。种子活力综合种子活力是种子发芽和出苗率、幼苗生长的潜势、植株抗逆能力和生产潜力的总和(发芽和出苗期间的活性水平与行为),是种子品质的重要指标,具体包括吸涨后旺盛的代谢强度、出苗能力、抗逆性、发芽速度及同步性、幼苗发育与产量潜力。种子活力是植物的重要表型特征,传统检测方法包括低温测试、高温加速衰老测试、幼苗生长测定等。

该系统也可以对细菌、虫卵、真菌等进行高通量成像测量,进行病理学、毒理学或其它研究。对于拟南芥等冠层平展的植物,可以进行自动的叶片计数等。

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多光谱成像结合机器学习判别辣椒种子品种

摘要:当种子中混入非种子材料或低价值种子品种混入高价值品种时,会给种植者或企业造成损失。因此,种子品种的成功鉴别对于提高种子价值至关重要。近年来,卷积神经网络(CNN)已被用于种子品种的分类。研究了利用多光谱成像结合一维卷积神经网络(1D-CNN)对辣椒种子品种进行分类的可行性。三个品种样品总数为1472个,研究了三个品种在365nm和970nm之间的平均光谱曲线。使用光谱的全波段或通过连续投影算法(SPA)选择的特征波段分析数据。SPA从19个波段(430、450、470、490、515、570、660、780 和 880 nm)中提取了9个特征波段。使用K最近邻(KNN)、支持向量机(SVM)和1D-CNN全波段开发的三种分类模型的分类准确率分别为85.81%、97.70%和90.50%。在全波段下,SVM和1D-CNN的表现明显优于KNN,SVM的表现略好于1D-CNN。使用特征波段,SVM和1D-CNN的测试准确率分别为97.30%和92.6%。1D-CNN的分类准确率虽然不是最高的,但操作简单,是辣椒种子品种预测最可行的方法。

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图1.三种辣椒种子,从左到右:‘牛角’辣椒、‘切门田’辣椒、‘天鹰’辣椒

图2显示了三个辣椒种子品种的平均光谱曲线。三个品种在近红外或紫外波段的光谱曲线没有明显差异。但在可见光波段,3条曲线的反射率差异明显,这表明用多光谱数据区分三个辣椒品种的可能性。

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图2.三个辣椒品种的平均光谱曲线

使用KNN对三个辣椒品种进行分类,样本是随机抽取的。随着k值的变化,分类精度也发生了变化。k值取1~6,分类准确率分别为82.43%、83.11%、85.81%、82.43%、82.43%、82.43%。 结果表明,当k值继续增加时,准确率并没有提高。由结果得出,当k=3时,分类准确率最好(85.81%)。使用SVM分类模型对三种辣椒进行分类。训练集和测试集的准确率分别为99.30% 和97.70%。图2显示了SVM模型的训练和测试集的预测和真实类别。

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图2.使用RBF核函数的SVM模型的预测结果比较。(a)训练集,(b)测试集

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