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《Plant Phenomics》发刊词 | 植物表型组学:一种新兴的跨学科科学

发表时间:2020-04-29 14:00:32点击:1832

来源:植物表型组学

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由南京农业大学与《Science》出版商美国科学会联合出版的《Plant Phenomics》于1月22日正式发刊,该刊主编东京大学二宫正士教授、法国农业科学院Fred Baret教授和南京农业大学/美国田纳西大学程宗明教授联合撰写了发刊词,介绍如下:

未来几十年中,由于人口暴增、气候变化、耕地限制、环境资源短缺等因素的影响,人类面临巨大的粮食挑战。需要从两方面考虑来提高作物生产力:改良育种和栽培管理。对作物功能的描述和深入理解是有效改良育种和优良栽培管理的基础。将作物功能性状与基因组关联起来,将加速针对特定环境和管理方式的设计育种过程,以及加速遗传资源的挖掘过程。同理,对植物功能的深入了解将较大作物的栽培管理。作物功能模型可以集聚上述知识,特定环境下的植物生长管理。

植物表型

指的是植物遗传在特定环境下表达出来的植物特性,包括结构、生化、能量传递过程等。植物表型组学可以认为是研究植物表型特征的科学,涵盖器官、植株、冠层功能等多种尺度。

植物表型组学发展非常快速,下面是利用Web of Science检索的历年植物表型组学相关文献的发表情况:

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图1 利用Web of Science检索的植物表型论文发表情况

植物表型组学是一种跨学科的科学,涵盖生理学、生物学、遗传学、统计学、计算机科学、计量学和其它相关学科。植物表型组学学科的快速发展需要一个植物表型学的专门期刊,能够与计算科学、工程科学和多生物科学相结合,专门出版植物表型组学方面的文章。通过正在建立级植物表型组学中心的南京农业大学的支持,以及与《Science》出版商——美国科学会的合作,使得出版《Plant Phenomics》成为可能。 

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图2 植物表型组学的五大支柱

我们可以将植物表型组学分为五个领域

高通量数据获取:包括在室内或野外条件下获取从细胞、器官、植株到冠层水平的表型数据,以及从地下的根系表型到空中的遥测数据。包括传感器、平台、机器人、校准和测量学等方面的技术进展。

数据管理:包括信息系统、ontology、元信息、数据挖掘、数据分析、数据标准化等。

数据解释:将原始数据解释为有效性状,涵盖计算机视觉、信息过程、机器学习、统计学、生理等。

建模:通过对生态生理过程的详细描述,对植物结构及其动态和植物功能进行建模。 还包括灵敏度分析、模型校准和验证以及数据同化。

集成和应用:包括与其他组学和其他学科相结合,以在田间和农场尺度的植物遗传、育种、有效农业和支持决策系统,以及较大规模的资源管理。

《Plant Phenomics》将是一个开放获取的在线期刊,将科学发现快速、自由地传播给所有感兴趣的受众。 除了研究论文,该刊还将刊发表型领域的热点新闻、话题,以及能够引起植物表型组学界广泛关注的观点。

我们很荣幸担任创始主编,并非常荣幸拥有一支化,高素质,充满活力的副编辑团队,以帮助我们通过吸引高水平论文将《Plant Phenomics》建设成为一个植物表型组学研究领域不可或缺的期刊。

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