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Plant Phenomics | 美国康奈尔大学果园新视角:几何学揭开苹果树结构的三维奥秘

发表时间:2024-05-23 13:02:57点击:235

来源:植物表型组学

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苹果树的结构对其生长和结果潜力至关重要,是精确管理的基础。传统上,二维成像技术被用来描绘苹果树的建筑特征,但受到遮挡和视角模糊的影响,其准确性受到挑战。

2024年4月,Plant Phenomics 在线发表了美国康奈尔大学JIANG YU等人题为AppleQSM: Geometry-based 3D Characterization of Apple Tree Architecture in Orchards 的论文。该研究旨在利用地面激光扫描仪(TLS)收集的点云数据,设计一种基于三维几何的苹果树结构分割和结构特征表征处理管道,以克服这些限制。

AppleQSM的实验流程分为4个阶段:数据采集和预处理、树实例分割、树结构分割和架构特征提取。首先,通过手动选择感兴趣区域(ROI),并利用CloudCompare中的SOR去噪处理原始点云数据。然后,树实例分割模块将每棵树分割为单个点云,树结构分割模块进一步处理每棵树,分离树干和分支以进行特征提取。利用所建立的管道,对84株代表性苹果品种进行了树高、树干直径、枝数、枝径、枝角等建筑性状的分析。

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图1 AppleQSM工作流程

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图2 主干和分支水平的建筑特征估计结果及定量性能评估。RLR线性回归的鲁棒性。

实验结果显示,所建立的管道树高和树干直径的R2分别为0.92和0.83,平均绝对误差(MAE)分别为6.1 cm和4.71 mm。在枝条水平上,其R2分别为0.77和0.69,枝条直径和角度的MAE分别为6.8626 mm和7.48°。

这些架构特征的准确测量可以实现对高密度苹果果园的精密管理,并加强育种计划中的表型分析工作。此外,对3D处理管道的瓶颈进行了全面分析,以揭示未来的发展方向。

论文链接:

https://doi.org/10.34133/plantphenomics.0179

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About Plant Phenomics

《植物表型组学》(Plant Phenomics)是由南京农业大学和美国科学促进会(AAAS)合作创办的英文学术期刊,于2019年1月正式上线发行。采用开放获取形式,刊载植物表型组学交叉学科热点领域具有突破性科研进展的原创性研究论文、综述、数据集和观点。具体范围涵盖高通量表型分析的最新技术,基于图像分析和机器学习的表型分析研究,提取表型信息的新算法,作物栽培、植物育种和农业实践中的表型组学新应用,与植物表型相结合的分子生物学、植物生理学、统计学、作物模型和其他组学研究,表型组学相关的植物生物学等。期刊已被DOAJ、Scopus、PMC、EI和SCIE等数据库收录。科睿唯安JCR2022影响因子为6.5,位于农艺学、植物科学、遥感一区。中科院农艺学、植物科学一区,遥感二区,生物大类一区(TOP期刊)。2020年入选中国科技期刊卓越行动计划高起点新刊项目。

说明:本文由《植物表型组学》编辑部负责组稿。

中文内容仅供参考,一切内容以英文原版为准。

撰稿:许浒(南京农业大学)

编辑:赵倩莹(南京农业大学)

审核:孔敏、王平

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