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Plant Phenomics | 南京农业大学梨创新团队在作物育种信息化研究中取得新进展

发表时间:2023-05-18 13:12:00点击:420

来源:植物表型组学

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作物育种对作物生产的发展具有重要意义,它不仅可以增加作物产量,强化作物抗性,提升有益物质含量,还可以提高生产效率。然而,大多数的作物育种仍是基于育种者的经验性评价,采用传统的手工测量、经验评价和书面记录等方法。这些方法造成DUS测试数据主观性大、难以控制稳定性和一致性、数据可追溯性低和统计分析任务量大、效率低等问题。基于智能手机和无线通信技术的快速发展与普及,专用作物育种软件的研究和应用已成为种质资源研究和育种信息化的主要方向。开发专业的育种设备和育种信息管理软件,促进育种过程的信息化和智能化,可以有效地提高育种效率,减少育种者对定性育种经验的依赖,加快种质资源的创新和利用。

2023年4月,Plant Phenomics 在线发表了南京农业大学梨创新团队题为BreedingEIS: an efficient evaluation information system for crop breeding 的文章,该研究基于当前流行的计算机、智能手机和近场通信(NFC)技术,开发了一个安全、高效的新育种平台(BreedingEIS,“云上后稷”),详细介绍了该育种系统的基本原理、设计、部署和使用方法,并指出了该育种系统的未来发展计划。

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图1 BreedingEIS系统登陆页

该系统支持跨操作系统,且功能扩展便捷,应用服务与数据库服务采用云服务器部署,有中英文两种系统语言,默认设置为英文,由web 客户端和移动客户端组成。完整的系统架构如图2所示,操作过程分为三个步骤:① web 端基础数据的录入及身份码制作,② 移动端田间评价数据的收集,③ web 端汇总分析评价数据等。

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图2 BreedingEIS系统架构描述(A)和操作流程图(B)

web 端通过网站www.nnyshj.com 登录进入。主要功能模块包括首页展示、育种管理、性状及描述符维护和意见反馈。通过完善各功能模块中的子功能提高系统使用效率:为新用户构建引导方式上传基础数据,简化初步工作;图形显示模式生成群体单株身份码,直观易于理解;引入NFC 电子芯片,提高操作效率及安全性;创新加入收藏功能,便捷标记优秀单株;预置多个物种性状及描述符等。

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图3 BreedingEIS系统web端主要页面展示

移动端可以从web页面(Android)或移动端应用商店(iOS)搜索下载并安装:BreedingEIS-M。移动端主要开展田间评价信息的收集和保存,采集照片、音视频以及查看历史评价信息等功能。结合NFC电子标签,能够大幅提高田间工作效率;加入历史记录查看功能,实时便捷的回溯历史数据;分步骤、分区域设计功能,操作简便实用;完善的app视觉效果提升用户体验等。

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图4 BreedingEIS系统移动端主要页面展示

系统通过设置三级管理机制,实现各级账户具有不同的权限,以确保数据的安全性,加强知识产权保护。用户需通过申请管理员账户以使用该系统。同时,该系统也支持用户部置在自有服务器上,以确保数据隐私。web客户端和Github上提供有详细的系统部署协议(安装手册)和系统应用说明(操作说明),以方便用户能够轻松地使用该系统。

该研究依托南京农业大学园艺学院/梨工程技术研究中心完成,齐开杰高级实验师为论文的第一作者,钟山青年研究员吴潇博士为共同第一作者,张绍铃教授和陶书田教授为共同通讯作者。参与研究的还有南京农业大学谷超教授、谢智华高级实验师。该研究得到了中央高校基本业务费专项基金、江苏省自然科学基金、国家自然科学基金等资助。

论文链接:

https://doi.org/10.34133/plantphenomics.0029

软件获取及代码下载:

http://www.nnyshj.com/

https://github.com/qikaijie/BreedingEIS-M

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About Plant Phenomics

《植物表型组学》(Plant Phenomics)是由南京农业大学和美国科学促进会(AAAS)合作创办的英文学术期刊,于2019年1月正式上线发行。采用开放获取形式,刊载植物表型组学交叉学科热点领域具有突破性科研进展的原创性研究论文、综述、数据集和观点。具体范围涵盖高通量表型分析的最新技术,基于图像分析和机器学习的表型分析研究,提取表型信息的新算法,作物栽培、植物育种和农业实践中的表型组学新应用,与植物表型相结合的分子生物学、植物生理学、统计学、作物模型和其他组学研究,表型组学相关的植物生物学等。期刊已被DOAJ、Scopus、PMC、EI和SCIE等数据库收录。科睿唯安JCR2021影响因子为6.961,位于农艺学、植物科学、遥感一区。中科院农艺学、植物科学一区、遥感二区、生物大类一区(TOP期刊)。2020年入选中国科技期刊卓越行动计划高起点新刊项目。

说明:本文由《植物表型组学》编辑部负责组稿。

中文内容仅供参考,一切内容以英文原版为准。

特邀作者:齐开杰

排版:张婕(南京农业大学)

审核:孔敏、王平



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