科学家最近利用VideometerLab 4多光谱成像系统发表了题为“Comparative transcriptome analysis, unfolding the pathways regulating the seed-size trait in cultivated lentil (Lens culinaris Medik.)”，文章发表于期刊Front Genet. 2022; 13: 942079。

比较转录组分析，揭示了调节栽培小扁豆（Lens culinaris Medik.）种子大小性状的途径

小扁豆（Lens culinaris Medik.）的种子大小和形状在很大程度上影响市场等级、烹饪时间、质量和碾磨谷物产量；因此，它们被认为是重要的品质性状。为了揭示调节小扁豆种子大小的途径，使用大种子（L4602）和小种子（L830）基因型进行了转录组学研究。这项研究生成了近3.75亿条高质量信息，其中98.70%与参考基因组正确对齐。在生物复制中，外显子每千碱基每百万映射读取的片段非常相似（R>0.9），表明RNA序列结果的一致性。鉴定主要与激素信号和细胞分裂途径、转录因子、激酶等相关的各种差异表达基因在细胞扩张和种子生长中起作用。共使用106996个单基因进行差异表达（DE）分析。串分析鉴定了具有某些关键蛋白的各种模块，如Ser/Thr蛋白激酶、种子储存蛋白、DNA结合蛋白、微管相关蛋白等。此外，一些生长和细胞分裂相关的微RNA，如miR3457（细胞壁形成）、miR1440（细胞增殖和细胞周期）、mir440（细胞生长和细胞周期），miR1533（植物激素的生物合成）在种子大小测定中起作用。使用RNA序列数据，生成了5254个EST-SSR引物，作为未来旨在鉴定连锁标记的研究的来源。对Ser/Thr蛋白激酶、乙烯反应因子和Myb转录因子基因使用Genevestigator®进行了电子验证。令人感兴趣的是，木聚糖内转葡糖苷酶基因被发现受到差异调节，表明它们在种子发育过程中的作用；然而，在成熟时，各种细胞壁参数（包括纤维素、木质素和木糖含量）没有显著差异。该文第一份关于揭示小扁豆关键的种子大小调节途径的报道，并为具有定制种子大小的小扁豆基因型的开发提供了理论途径。

关键词：RNA seq，转录因子，信号转导途径，晶状体库，种子参数